Margrét Eggertsdóttir er rannsóknarprófessor á handritasviði. Rannsóknir hennar hafa einkum beinst að íslenskum bókmenntum og handritum eftir siðaskipti og fjallaði doktorsritgerð hennar um verk Hallgríms Péturssonar (1614–1674) og tengsl íslenskra bókmennta á sautjándu öld við evrópska bókmenntahefð. Helsta verkefni Margrétar á stofnuninni er að undirbúa og ganga frá heildarútgáfu á verkum Hallgríms Péturssonar. Fjögur bindi hafa þegar komið út og það fimmta er á leiðinni. Margrét hefur stjórnað og tekið þátt í ýmsum rannsóknarverkefnum og stýrir nú verkefninu Hið heilaga og hið vanheilaga: Viðtökur og dreifing veraldlegra og trúarlegra bókmennta eftir siðaskipti á Íslandi sem styrkt er af Rannsóknarsjóði Rannís.