Biskuparnir á Hólum og í Skálholti, þeir Þorlákur Skúlason og Brynjólfur Sveinsson, höfðu hrint af stað umfangsmikilli eftirritun íslenskra skinnbóka á pappír fyrir miðja 17. öld; söfnun handrita var hafin og útflutningur þeirra einnig í nokkrum mæli. Flateyjarbók var send úr landi 1656 og haustið 1662 sigldi utan Þormóður Torfason frá Engey við Reykjavík og flutti Friðriki 3. Danakonungi Konungsbók eddukvæða og Gráskinnu Njálu.

Rösku ári eftir að Þormóður hvarf af Íslandi með Konungsbók eddukvæða í farteskinu fæddist Árni Magnússon. Foreldrar hans voru Magnús Jónsson prestur að Kvennabrekku í Dölum, síðar lögsagnari og sýslumaður og Guðrún Ketilsdóttir, dóttir Ketils Jörundarsonar prófasts í Hvammi í Dölum og Guðlaugar Pálsdóttur konu hans. Um æsku Árna og uppvöxt er fátt vitað. Hann ólst upp hjá móðurforeldrum sínum í Hvammi og hlaut sína fyrstu menntun undir handarjaðri afa síns meðan hans naut við, en séra Ketill lést 1670 og tók þá Páll móðurbróðir Árna við uppfræðslu hans. 1680 settist Árni í Skálholtsskóla og var þar næstu þrjú árin. Samtíma honum þar voru nokkrir piltar sem hann batt ævilanga vináttu við, þeir Björn Þorleifsson, síðar Hólabiskup, Jón Halldórsson, síðar prestur í Hítardal og Jón Þorkelsson Vídalín, síðar Skálholtsbiskup.

Eftirsókn í íslensk handrit hélt áfram á uppvaxtarárum Árna Magnússonar. Margar skinnbækur höfnuðu í einkasöfnum fræðimanna og bókasafnara í Danmörku; oft á tíðum gefin þangað af Íslendingum sem leita þurftu liðsinnis málsmetandi manna þar í landi. Friðrik konungur 3. lést 1670 og tók þá við ríki sonur hans Kristján 5. Hann skipaði Hannes Þorleifsson, son Þorleifs Kortssonar lögmanns á Þingeyrum, fornfræðing sinn árið 1681 og skyldi hann vinna að söguritun og söfnun handrita í bókasafn konungs. Hannes fór til Íslands sumarið 1682, safnaði þar bókum og sigldi utan um haustið á Höfðaskipi með það sem honum hafði áskotnast. Skipið fórst á leiðinni og var haldið að það hefði sokkið með öllu sem á því var undan Langanesi. Lítið er vitað um það hve miklu eða hverju Hannesi tókst að safna þær vikur sem hann dvaldist á Íslandi, en síðar þegar Árni Magnússon reyndi að grafast fyrir um það, var honum sagt að Hannes hefði fengið „býsna rusl af pergamentsbókum“. Sama sumar og Hannes safnaði hér fyrir konung var staddur á Íslandi sömu erinda á vegum Svía Jón Eggertsson frá Ökrum í Skagafirði. Gekk hann að söfnun sinni af mikilli atorku og náði saman tugum handrita sem hann flutti til Svíþjóðar árið eftir. Meðal þeirra eru sumar merkustu skinnbækur íslenskar eins og hómilíubókin, elsta íslenska handritið sem varðveist hefur í heilu líki, talið frá því um 1200, og Helgastaðabók, fagurlega lýst 14. aldar handrit Nikulás sögu, sem einu sinni var í eigu kirkjunnar á Helgastöðum í Reykjadal. Jón hafði ætlað utan með sama skipi og Hannes en hætti við á síðustu stundu og hafði vetrardvöl á Íslandi og fór utan sumarið 1683.

Sumarið sem Jón Eggertsson hélt utan með feng sinn útskrifaðist Árni úr Skálholtsskóla og sigldi síðla sumars til Kaupmannahafnar. Fylgdi hann Magnúsi föður sínum sem þangað var sendur ásamt fleirum til þess að reka erindi Íslendinga í verslunarmálum, en Magnús var þá orðinn sýslumaður Dalamanna. Árni innritaðist í háskólann í Kaupmannahöfn 25. september haustið 1683. Litlum sögum fer af háskólanámi Árna næstu árin, en það hefur hann eflaust stundað af þeirri iðni og alúð sem honum var eiginleg, og 1685 lauk hann guðfræðiprófi með góðri einkunn. 1684 eða sumarið eftir að Árni innritaðist við háskólann réðst hann til starfa hjá Thomasi Bartholin yngra. Hann var aðeins fjórum árum eldri en Árni en hins vegar 10 árum eldri stúdent og var orðinn prófessor þegar Árni kom til Hafnar. Bartholin hafði í febrúar þá um veturinn verið skipaður konunglegur fornfræðingur eftir Hannes Þorleifsson og vann nú að því að viða að sér og búa til útgáfu öll helstu rit er snertu dönsk og norræn efni. Að hvatningu hans setti konungur bann við því árið 1685 að íslensk handrit væru seld útlendingum og send úr landi. Bartholin lét aðstoðarmenn sína skrifa upp fjöldann allan af ritum og skjölum sem hann hugðist nota í ritum sínum og við það verk hóf nú Árni störf hjá honum jafnhliða háskólanáminu.

Sama sumar og Árni lauk námi, 1685, hélt hann heim til Íslands að huga að sínum málum, en faðir hans var þá látinn árið áður. Honum var líka ætlað að leita þar uppi handrit fyrir Bartholin. Dvaldist Árni hjá frændum sínum um sumarið heima í Dölum. Um haustið ætlaði hann að sigla utan á Rifsskipi en það brotnaði á höfninni í stórviðri skömmu fyrir brottför. Önnur haustskip voru þá farin og hvergi far að fá frá landinu. Árni varð því að hafa vetursetu í Hvammi hjá Páli móðurbróður sínum og notaði tímann meðal annars til ýmissa athugana á handritum og aðferðafræði við eftirritun þeirra. Ketill Jörundarson, afi Árna, hafði verið afkastamikill handritaskrifari og Páll móðurbróðir hans fékkst einnig við skriftir. Árna var því kunnugt frá æskuheimili sínu um þá lærdómsiðju sem stunduð var í landinu, en kynni hans af Bartholin og störf hans hjá honum hafa án efa skerpt vitund hans fyrir mikilvægi þess að safna saman og bjarga frá glötun öllu því sem fundið varð um sögu þjóðarinnar og bókmenntir hennar. Árni færði Bartholin ekki mörg handrit af Íslandi eftir dvöl sína þar, hins vegar er nokkuð víst að Árni hóf einmitt um þessar mundir sína eigin handritasöfnun. Sumarið 1686 siglir Árni aftur frá Íslandi til Kaupmannahafnar og tekur á ný til starfa hjá Bartholin og er hjá honum næstu fjögur árin.

Sem fyrr fólst starfi Árna í því að skrifa upp forna handritatexta og þýða tilvitnanir úr íslenskum fornbókmenntum yfir á latínu. Árangurinn af því starfi var meðal annars ritið Antiquitatum Danicarum de causis contemptæ a Danis adhuc gentilibus mortis, sem fjallaði um óttaleysi Dana til forna andspænis dauðanum, eins og fram kemur í latneskum titli þess. Árni aðstoðaði Bartholin við að koma því á prent 1689 og er bókin röskar 700 síður á lengd. Efnið er að miklu leyti sótt í íslensk heimildarrit, bæði sögur, eddukvæði og dróttkvæði, auk annarra miðaldarita.Tilvitnanir í íslensku fornritin eru birtar á íslensku og latnesk þýðing með sem væntanlega hefur verið verk Árna.

Annað verk sem Árni vann fyrir Bartholin á þessum árum ásamt fleiri Íslendingum voru aðdrættir til danskrar kirkjusögu sem Bartholin hugðist skrifa. Öllu þessu efni var safnað saman í þykk bindi í arkarbroti sem flest eru enn varðveitt í Konungsbókhlöðu í Kaupmannahöfn. Þarna eru uppskriftir úr aragrúa handrita og hvers kyns skjala, danskra, norskra og íslenskra. Bartholinsku bindin eru meðal annars merk fyrir þá sök að þau geyma víða uppskriftir úr handritum og prentuðum bókum háskólabókasafnsins danska sem fórust í brunanum mikla 1728.

Samhliða störfum sínum hjá Bartholin vann Árni við eftirritun handrita fyrir sjálfan sig og fékk hann íslenska stúdenta í Kaupmannahöfn til þess að hjálpa sér við það verk; skrifuðu þeir meðal annars texta eftir íslenskum handritum í Háskólabókasafni og eftir handritum í einkasöfnum danskra embættismanna, en mörg þeirra handrita eignaðist Árni síðar að þeim látnum. Skilaði þessi vinna drjúgum viðaukum í hið vaxandi safn Árna.

Í ágúst 1689 hélt Árni til Noregs á vegum Bartholins til að leita uppi gömul handrit og eftirrit vegna undirbúnings kirkjusögunnar og fór í þeirri ferð alla leið norður til Þrándheims. Á heimleiðinni dvaldist hann röska þrjá mánuði hjá Þormóði Torfasyni á Stangarlandi á eyjunni Körmt skammt utan við Stafangur; höfðu þeir Árni kynnst árið áður í Kaupmannahöfn og var það upphaf vináttu og samvinnu sem hélst meðan báðir lifðu.Veitti Árni Þormóði ómælda aðstoð á næstu árum við undirbúning og útgáfu bóka hans. Þormóður hafði verið skipaður konunglegur sagnaritari Noregs 1682 og hafði þá flutt með sér til Stangarlands flestar merkustu skinnbækur íslenskar úr bókhlöðu konungs í Kaupmannahöfn: Konungsbók eddukvæða, Flateyjarbók og mörg önnur konungasagnahandrit. Þormóður átti auk þess sjálfur allnokkur handrit. Rannsakaði Árni þau handrit sem hjá Þormóði voru og skrifaði upp fjölmargt úr bókum hans.

Heim til Kaupmannahafnar komst Árni aftur í febrúar 1690 og hafði í ferðinni eignast nokkur handrit til viðbótar í safn sitt. Það sama ár lauk skyndilega starfi Árna hjá Thomasi Bartholin þegar Bartholin veiktist alvarlega og lést 5. nóvember aðeins 31 árs gamall. Veturinn eftir var Árni á vegum Caspars, bróður Thomasar Bartholins, og vann við frágang á bókasafni Thomasar sem selt var á uppboði sumarið eftir lát hans. Í safninu voru nokkur íslensk handrit sem Bartholin hafði eignast; þau voru ekki boðin upp heldur eignaðist Árni þau. Þar á meðal var Möðruvallabók, mesta safnrit Íslendingasagna frá miðöldum og eru sumar sögurnar hvergi til heilar nema í henni. Voru þessi handrit verðmæt viðbót í safn hans sem hann leitaði allra leiða til að auka og var óþreytandi að spyrjast fyrir um hvar handrit væri að finna á Íslandi.

Eftir þetta komst Árni undir verndarvæng Matthíasar Moth. Moth var bróðir Soffíu Amalíu Moth sem varð ástkona Kristjáns 5. Danakonungs árið 1671 og átti með honum þrjár dætur og tvo syni. Annar þeirra var Ulrik Christian Gyldenløve sem konungur skipaði stiftamtmann á Íslandi árið 1684, þegar drengurinn var aðeins 6 ára gamall, og hélt hann þeirri stöðu til dauðadags 1719 en kom aldrei til Íslands. Matthías Moth naut einnig systur sinnar. Hann hafði lagt fyrir sig læknisfræði en yfirgaf þá braut 1675 fyrir tilstilli Soffíu Amalíu og á næstu árum var raðað á hann ótal digrum embættum og bitlingum, enda reyndist hann hinn nýtasti embættismaður. Þegar hér var komið sögu var hann meðal annars aðalritari í Danmerkur- og Noregs-deildum kansellísins og mikill áhrifamaður í Danaveldi. Hjá Moth er Árni næstu árin, meðal annars annars sem bókavörður, en fátt er annars vitað um það sem hann hafði fyrir stafni. Ekki er þó fjarri lagi að álykta að tengslin við Moth séu upphaf þess að á næstu árum fór áhrifa Árna að gæta bak við tjöldin í ýmsum málum er vörðuðu Ísland, til dæmis embættaveitingum. Svo virðist einnig sem Árni hafi tekið að sér að koma út fyrsta bindi af kirkjusögu Bartholins og að það verk, sem þó var aldrei lokið, hafi verið honum einhver tekjulind á næstu árum.

Í júní 1694 var Árni valinn af háskólaráði til að fara til Stettin í Þýskalandi á þess vegum til að skoða og meta bókasafn sem austurlandafræðingurinn Andreas Müller Greiffenhagen hafði boðið Kaupmannahafnarháskóla til kaups. Af þeim kaupum varð ekki en Þýskalandsdvöl Árna varð hins vegar lengri en upphaflega var áætlað og dvaldist hann í Þýskalandi í rösk tvö ár og virðist sem Matthías Moth hafi kostað dvöl hans þar að mestu leyti. Frá Stettin hélt Árni til Berlínar og Frankfurt og kom til Leipzig um haustið og þar dvaldist hann að mestu óslitið fram undir jól 1696 og rannsakaði bóka- og handritasöfn borgarinnar og safnaði saman allskyns bókfræðilegum og sögulegum fróðleik sem hann taldi að gæti komið sér að gagni síðar við fornfræðarannsóknir sínar. Skömmu eftir að Árni lagði upp í Þýskalandsferð sína eða 14. júlí 1694 útvegaði Moth honum vonarbréf frá konungi fyrir prófessorsembætti við Kaupmannahafnarháskóla, en slíkt bréf var nánast eins og númer í biðröð eftir þeim embættum sem losnuðu.Til þess að bæta líkur sínar í samkeppninni um prófessorsembættin réðst Árni í það meðan á Leipzig-dvölinni stóð að gefa út lítið kver Incertis auctoris Chronica Danorum et præcipue Sialandiæ eða Sjálandsannál og er það eitt af því fáa sem Árni gaf út á prenti meðan hann lifði. Þetta rit hafði Árni skrifað upp eftir gamalli skinnbók í háskólabókasafninu í Kaupmannahöfn meðan hann var enn í þjónustu Bartholins. Skinnbókin fórst síðar með Háskólabókasafninu í brunanum 1728.

Eftir heimkomuna til Kaupmannahafnar þáði Árni boð Matthíasar Moth um að búa hjá honum enda var Árni eigna- og tekjulaus maður um þetta leyti. Moth reyndist honum vel nú eins og fyrri daginn og útvegaði honum skjalaritarastöðu við leyndarskjalasafnið sem þá var geymt í kjallarahvelfingum undir Rosenborgarhöll og því starfi hélt Árni til æviloka. Staðan var í fyrstu ólaunuð og vinnuskyldan eflaust ekki mikil. Þrátt fyrir lítil efni þessi ár hélt Árni áfram að auka við handritasafn sitt. Lagðist honum ýmislegt til.

Tengsl hans við Moth og þar með stjórnsýslu ríkisins hafa eflaust gert menn heima á Íslandi viljugri til að ganga erinda hans í útvegun handrita eða víkja að honum skinnbókum í von um að hann styddi þá ef þeir áttu mál að reka við yfirvöld í Höfn. Þórður Jónsson, sonur Jóns Vigfússonar Hólabiskups, var til dæmis á ferð í Kaupmannahöfn 1697 og hugðist ná embætti Skálholtsbiskups sem þá var laust eftir lát Þórðar biskups Þorlákssonar. Þórður Jónsson hefur eflaust leitað eftir stuðningi Árna við umsókn sína og færði honum auk fleiri handrita tvö merk handrit í arkarbroti. Annað þeirra var Skarðsbók Jónsbókar, sem skrifuð var um 1363 og er íburðarmest og skrautlegast allra íslenskra handrita frá miðöldum. Hitt handritið var Kálfalækjarbók Njálu, sem er nokkru eldri en Skarðsbók, talin skrifuð um 1300 og var nú orðin velkt og skörðótt. Þórður Jónsson varð ekki Skálholtsbiskup en fékk hins vegar skólameistarastöðuna í Skálholti og gegndi henni í 3 ár. Það var Jón Vídalín sem hreppti biskupsembættið í Skálholti 1697 og er næsta öruggt að Árni kom þar eitthvað við sögu. Eitt er víst að ekki liðu nema um tvö ár frá embættistöku Jóns þar til hann lét senda Árna til Hafnar allar skinnbækur og skinnbókabrot sem þá fundust í eigu Skálholtsstaðar. Þar á meðal voru dýrgripir eins og Stjórnarhandritið mikla AM 227 fol sem er meðal fegurstu skinnbóka íslenskra frá miðöldum og báðar Skálholtsbækur Jónsbókar.

Árni stóð í bréfaskriftum við ýmsa menn heima á Íslandi og leitaði eftir aðstoð þeirra við að spyrja uppi fornar bækur og bókaslitrur, bréf og forn skjöl, hvar sem slíkt væri að finna og fá það keypt eða gefið eða léð til eftirritunar ef bækurnar voru ekki falar. Í maí 1698 skrifar Árni vini sínum, Birni Þorleifssyni Hólabiskupi:

„Ég þakka alúðlega fyrir þá undirtekt um að láta afskrifa þau gömul bréf er eldri eru en 1560 sem í visitatium kunna fyrir að verða, svo vel sem að gefa mér notitie um pergaments bækur vondar og góðar, eða þeirra slitur, hvar þær eru og hvernin beskaffaðar, ef occurrera kunna. Séu nokkrar við kirkjurnar, þá kann Monfrere þær meo periculo sikker til sín að taka, alleinasta lofa kirkjunum að þær aftur skilast skulu. En Fin, allt hvað eldra er en 1560 hverju nafni sem það heitir er ég svo smáþægur um að ég held það fyrir thesaurum, hversu lítið sem í það er spunnið hvað um sig.“

Þegar þarna var komið sögu hafði Árni aflað sér viðamikillar vitneskju um þær bækur og skjalagögn sem varðveist höfðu á Íslandi og drjúgur hluti þessa var kominn í hans eigu. Árni víkur að því í bréfi til Svíans Jóhanns Peringskiöld 1699 að varla eigi nokkur annar maður í Evrópu stærra safn íslenskra skinnbóka en hann. Voru það engar ýkjur. Kristján 5. konungur féll frá 1699 og við völdum tók sonur hans, Friðrik 4. Við konungaskiptin var Matthíasi Moth vikið úr öllum embættum og missti Árni þar valdamikinn stuðningsmann. Hinn nýi konungur greiddi þó vel úr málum Árna. Fékk hann greidd föst laun fyrir starf sitt við leyndarskjalasafnið frá aldamótaárinu 1700 og 22. október 1701 skipaði konungur hann prófessor í dönskum fornfræðum við háskólann. Örlögin höguðu því þó svo að næstu 10 árin var Árni að mestu heima á Íslandi sem sérstakur erindreki konungs.

Erfitt árferði og langvinn hallæri höfðu mjög þrengt kosti manna á Íslandi við lok 17. aldar. Árið 1700 sendi alþingi konungi bænaskrá og haustið 1701 fór annar lögmaður landsins, Lárus Gottrup, utan á konungsfund með ýmsar tillögur um úrbætur á hag þjóðarinnar. Meðal þeirra ráðstafana sem konungur ákvað í framhaldi af þessu var að senda sérstaka fulltrúa sína til Íslands með víðtæku umboði til að kanna ástandið þar og gera frekari tillögur til úrbóta. Til þessarar farar valdi hann þá Árna Magnússon og Pál Vídalín varalögmann. Fengu þeir erindisbréf í 30 liðum, dagsett 22. maí 1702. Meginverkefnið sem þeim var falið með bréfi þessu var að semja jarðabók um allt landið.

Árni Magnússon hélt til Íslands að bragði, kom í Hofsós 24. júní 1702 og hélt þegar til fundar við Pál í Víðidalstungu. 18. júlí voru báðir nefndarmenn komnir til alþingis og létu lesa í lögréttu daginn eftir tilkynningu um jarðabókarstörfin. Skipuðu þeir svo fyrir að jarðeigendur skyldu gera jarðabækur yfir eignir sínar með tilgreindum dýrleika, landskuld og kúgildum; skyldu því fylgja vottuð eftirrit af eignarskjölum fyrir jörðunum. Þetta skyldi afhenda sýslumönnum en þeir skila því á næsta Alþingi. Hugðust nefndarmenn geta lokið jarðabókarstörfunum á einu ári eða svo.

Brátt kom í ljós að engin tiltök voru að safna efni í áreiðanlega jarðabók með þessum hætti og hurfu nefndarmenn frá því og ákváðu að ferðast sjálfir um landið, stefna bændum saman og rita upp jarðabókina eftir framburði þeirra. Aðeins sumartíminn nýttist þeim til ferðalaga um veglaust landið og reyndust þau bæði erfið og vosbúðarsöm. Þó að þeir veldu fljótlega þann kost að skipta liði og vinna hvor í sínu lagi og réðu aðstoðarmenn til að safna fyrir sig efni til jarðabókarinnar í ýmsum sýslum reyndist starfið umfangsmeira en þá hafði órað fyrir og var aðdráttum til bókarinnar ekki lokið fyrr en í júní 1714 eða 13 árum eftir að vinna við hana hófst. Ekki flýtti það fyrir verkinu að árin 1707−1709 geisaði skæð bólusótt í landinu og er talið að um 18.000 manns hafi látist í sóttinni. Var það gífurleg blóðtaka eða um 35% þessarar fámennu þjóðar, en samkvæmt manntali sem þeir Árni og Páll létu taka veturinn 1702- 1703 voru íbúar á Íslandi þá rösklega 50.000. Eftir sóttina voru því aðeins um 32.000 manns eftir í landinu.

Þótt aðdráttum til jarðabókarinnar væri lokið 1714 var samt mikið verk óunnið við frágang hennar og þýðingu á danska tungu svo að hún mætti gagnast dönskum yfirvöldum sem til hennar stofnuðu. Ætluðust þau til þess að Árni léti vinna það verk á sinn kostnað en hann vék sér jafnan undan því og eftir lát hans stóð þetta óuppgerða mál við rentukammerið lengi í vegi fyrir því að gengið væri frá erfðamálum Árna. Létu umsjónarmenn eigna hans loks þýða jarðabókina á árunum 1742−1750.

Titilsíða Jarðabókarinnar í útgáfu Hins íslenska fræðafjelags Jarðabók þeirra Árna Magnússonar og Páls Vídalíns er gagnmerk heimild um landshagi á Íslandi við upphaf 18. aldar. Því miður er hún ekki lengur varðveitt heil því að jarðabækur úr Múla- og Skaftafellssýslum fórust í brunanum 1728. Það var svo ekki fyrr en á árunum 1913−1943, að jarðabókin var gefin út af Hinu íslenska fræðafélagi í Kaupmannahöfn í ellefu stórum bindum. Jarðabókarvinnan og manntalið voru aðeins tvö af þeim fjölmörgu málum sem þeim Árna og Páli var falið að sinna í erindisbréfi konungs. Raunar átti fátt að vera þeim óviðkomandi er laut að högum landsins og umsýslan konungs þar. Þeir áttu að athuga kjör leiguliða, rannsaka kærur alþýðu á hendur embættismönnum, háum sem lágum, og fara þar ekki í manngreinarálit; enn fremur að hafa eftirlit með versluninni og gera tillögur um endurbætur á fyrirkomulagi hennar; athuga dómkirkjur og biskupssetur, kanna ástand skólamála, líta eftir klaustraeignum, gera úttekt á brennisteinsnámi og gera leit að nýtanlegum steinum og málmum; athuga úrbætur í fiskveiðum og ýmislegt fleira sem of langt yrði upp að telja.

Víðtækt umboð þeirra félaga til afskipta af málefnum lands og þjóðar vakti vonir margra um að þeir gætu bætt úr flestu því misrétti sem viðgekkst í landinu og yfir þá dundu kvartanir, kærur og bónarbréf úr öllum áttum. Reyndu þeir að greiða úr vanda sem flestra eftir bestu getu. Afskipti þeirra af embættisfærslu lögmanna og sýslumanna, rannsókn þeirra á gömlum sakamálum sem ekki höfðu hlotið tilhlýðilega afgreiðslu og tilraunir þeirra til þess að leiða slík mál til lykta að lögboðnum hætti vöktu andstöðu og óvild innlendra embættismanna og leiddu til langvinnra málaferla sem urðu þeim félögum þung í skauti. Þvældu embættismennirnir málin og báru Árna og Páli illa söguna við yfirvöld landsins í Kaupmannahöfn og gróf það smám saman undan því trausti sem þeir félagar höfðu notið þar.

Frægt er sakamál bóndans Jóns Hreggviðssonar á Rein. Hann var grunaður um manndráp og lögmaður hafði dæmt hann til lífláts 1684. Jón hafði hins vegar komist úr landi til Hollands og þaðan til Danmerkur og fengið þar griðabréf konungs til þess að fara aftur heim til Íslands ásamt heimild til þess að stefna málinu til hæstaréttar. Yfirvöld á Íslandi aðhöfðust þó ekki neitt frekar í málinu. Árni og Páll tóku það upp röskum 20 árum síðar, 1708, til að rannsaka þátt lögmannsins Sigurðar Björnssonar í því og leiða mál Jóns til lykta. Fór svo að lokum eftir langvinnt stapp að hæstiréttur í Kaupmannahöfn sýknaði Jón af morðákærunni 1715, næstum 30 árum eftir að grunur féll fyrst á hann. Hæstiréttur hafnaði hins vegar dómi Árna og Páls yfir lögmanni fyrir afglöp í starfi og sýknaði hann einnig.

Meðan Árni dvaldist á Íslandi vegna jarðabókarvinnunnar hafði hann aðsetur sitt í Skálholti í skjóli vinar síns, Jóns Vídalíns biskups. Árni hafði tekið með sér til Íslands mestallt handritasafn sitt og gáfust honum margar stundir yfir vetrartímann til vinnu við það, bréfaskrifta og eftirgrennslunar um allt land í leit að fornum bókum og skjölum. Í erindisbréfi þeirra Árna og Páls var ákvæði sem heimilaði þeim aðgang að öllum skjalagögnum sem í landinu voru og er ekki að efa að það ákvæði hefur verið frá Árna runnið. Árni hélt að jafnaði hjá sér skrifara í Skálholti sem voru sístarfandi að eftirritun skjala og bóka sem hann fékk léð víða að af landinu. Á ferðalögum sínum um landið á þessum árum gat hann heimsótt bændur sem hann vissi eða hafði grun um að ættu bækur eða bókaslitur. Þannig leitaði Árni uppi og bjargaði mörgum blaðsneplinum sem að áliti eigendanna var einskis nýtt rusl og hefði ella farið forgörðum. Vestan úr Dýrafirði fékk Árni til dæmis tvö blöð úr handriti sem skrifað hafði verið og myndskreytt um 1200 og á var brot af íslenskri 12. aldar þýðingu á grísku náttúrufræðiriti, Fysíólógus. Þarna vestra höfðu blöðin verið götuð og notuð í mjölsikti. Hefðu þau varla enst lengi í því hlutverki. Nú eru blöðin meðal helstu dýrgripa Árnasafns.

Árni fór tvívegis utan þau ár sem hann var á Íslandi vegna jarðabókarvinnunnar. Í fyrra skiptið var það veturinn 1705-1706 er hann var kvaddur utan til að leggja fram tillögur þeirra félaga um skipan verslunarmála á Íslandi. Í annað sinn hafði Árni vetrardvöl í Kaupmannahöfn veturinn 1708−1709 vegna ýmissa mála og dóma sem þeir félagar áttu aðild að. Í þeirri för gekk hann að eiga danska konu Mette Jensdatter Fischer og giftu þau sig 16. maí 1709; Árni var þá 45 ára en kona hans var 19 árum eldri en hann. Mette var ekkja eftir konunglegan söðlasmið, Hans Wichmand að nafni, sem látist hafði 1707 og höfðu þau hjón búið við torgið hjá konungshöllinni. Segir Jón Ólafsson að Árni hafi þekkt þau hjón og á stundum litið inn til þeirra á leið sinni í skjalasafnið og drukkið með þeim morgunte. Annars er lítið vitað um Mette Magnússon en hún mun hafa lagt með sér töluverðar eignir í bú þeirra hjóna. Haustið 1709 hvarf Árni aftur til Íslands og hittust þau hjónin ekki aftur fyrr en eftir rösklega þrjú ár. Varðveitt eru tvö bréf sem Árni skrifaði konu sinni frá Íslandi og fjalla þau mest um fjármál þeirra hjóna og alls kyns útréttingar sem hún á að annast fyrir hann: kaupa handa honum pappír og blek, skó og skyrtur, kaffi, te og sykur, franskt brennivín, brjóstdropa og rósavatn, raksápu, hárkollu og hárpúður. Þá sendir hann frá Íslandi æðardún, saltkjöt á tunnum og ullarsokka sem kona hans á að afhenda vinum hans í Kaupmannahöfn. Frá Mette er varðveitt eitt bréf til Árna, skrifað 4. apríl 1712. Þar segir hún manni sínum meðal annars frá drepsóttinni sem herjaði á Kaupmannahafnarbúa frá sumrinu 1711 fram á vorið 1712 og lagði um 30 þúsund manns eða þriðjung borgarbúa í gröfina, þar á meðal tvær vinnukonur þeirra: „den aller højeste gud haver hjemsøgt oss med en nådig og god pest“ skrifar Mette til Árna.

Árið 1712 þótti yfirvöldum sem jarðabókarverkið hefði dregist nógu lengi og kvöddu Árna heim til Kaupmannahafnar. Ófriður hafði enn á ný brotist út á milli Dana og Svía og sigling hættuleg af þeim sökum. Árni vildi ekki hætta handritasafni sínu yfir hafið á ófriðartímum og gekk frá því ásamt jarðabókarskjölunum í kistum sem geymdar voru í Skálholti næstu 8 árin. Í september 1712 fór Árni frá Íslandi og kom þangað aldrei framar. Siglingin var erfið og komst Árni aðeins til Noregs. Þar dvaldist hann um veturinn hjá vini sínum Þormóði Torfasyni og komst loks í mars 1713 til Kaupmannahafnar.

Með komunni til Kaupmannahafnar tóku við fimmtán ár þar sem líf Árna var í nokkuð föstum skorðum. Dagarnir liðu við embættisstörf og rannsóknir handrita, efnahagur þeirra hjóna var góður og þau gátu haldið sig eins og stétt þeirra og stöðu sómdi. Árið 1714 fluttu þau inn í einn af prófessorsbústöðum háskólans við Stóra-Kanokastræti. Hús Árna hefur sennilega verið tveggja hæða bindingsverkshús og að auki hafa einhver útihús staðið á lóðinni, sem var stór, og voru þau notuð sem bústaðir vinnufólks og búr enda greiddi háskólinn hluta prófessorslaunanna í fríðu með afurðum af bújörðum sínum. Í Kaupmannahöfn tók Árni upp fyrri störf sem hans höfðu beðið meðan hann var á Íslandi. Þar á meðal var skjalaritarastarfið við leyndarskjalasafnið. Safnið var flutt úr kjallarahvelfingum Rosenborgarhallar í nýja byggingu á Hallarhólma vorið 1720. Röskum fjórum árum síðar eða í ársbyrjun 1725 féll forstöðumaður safnsins og góður vinur Árna, Frederik Rostgaard, í ónáð konungs og var umsvifalaust sviptur öllum sínum embættum. Voru Árna Magnússyni afhentir lyklarnir að leyndarskjalasafninu og hafði hann með höndum forstöðu þess til æviloka án þess að fá formlega veitingu fyrir starfi leyndarskjalavarðar.

Við háskólann gat Árni nú loks snúið sér að prófessorsstarfi sínu. Fátt er þó vitað um kennslu hans og engar heimildir eru til um það að hann hafi flutt fyrirlestra við háskólann. Á hinn bóginn var hann einkakennari hátt á annað hundrað stúdenta og er líklegt að það kennsluform hafi látið honum betur. Árni virðist hafa vikið sér undan því að gegna trúnaðarstörfum fyrir stjórnsýslu háskólans. Árið 1720 var hann þó skipaður umsjónarmaður Ehlers-stúdentagarðsins sem stendur tveimur húsum neðar við Stóra-Kanokastræti en garður Árna stóð. Háskólabókasafninu var Árni kunnugur frá fyrri tíð en 1721 var hann gerður undirbókavörður þess og vera kann að honum hafi verið fengin stjórn þess í hendur 1725. Honum hefur því verið tíðförult í safnið á lofti Þrenningarkirkjunnar þar til það brann 1728.

Árni tók líka upp vinnu sína við söfnun handrita og rannsóknir þeirra og hafði skrifara í sinni þjónustu sem fyrr við afritun bóka og skjala úr ýmsum söfnum meðan hann beið þess að fá handritasafn sitt frá Íslandi. Haustið 1720 voru jarðabókargögnin öll og handritasafn Árna, sem geymt hafði verið í Skálholti eftir að hann fór af Íslandi 1712, flutt í 55 kistum á 30 hestum til Hafnarfjarðar. Þar voru kisturnar settar um borð í freigátu úr flota Danakonungs undir stjórn hins nýja stiftamtmanns á Íslandi, Rabens aðmíráls, sem flutti þær til Hafnar. Vegna ýmissa formsatriða fékk Árni þó ekki handritasafn sitt afhent fyrr en í febrúar 1721 og þá fyrst gat hann komið því fyrir í bústað sínum við Stóra-Kanokastræti. Árni hélt ýmsa skrifara hjá sér í Kaupmannahöfn. Kunnastur þeirra er Jón Ólafsson úr Grunnavík, sem kom til Árna 1726 og starfaði hjá honum meðan báðir lifðu og vann síðan lengstum við Árnasafn til æviloka 1779.