Árið 1998 kom út Eddurit Jóns Guðmundssonar lærða, I–II útgefin af Einari G. Péturssyni. Þar eru gefin út tvö rit. Hið fyrra, Samantektir um skilning á Eddu, er að efni til uppskrift á Snorra-Eddu eftir glötuðu handriti með löngum viðaukum. Seinna ritið, Að fornu í þeirri gömlu norrænu kölluðust rúnir bæði ristingar og skrifelsi, er samið til skýringa á Brynhildarljóðum eftir Völsunga sögu. Bæði ritin voru skrifuð að beiðni Brynjólfs biskups Sveinssonar til aðdrátta í rit um fornan norrænan átrúnað, sem hann samdi aldrei. Björn Jónsson á Skarðsá samdi skýringar á Sigurdrífumálum og Völuspá. Fyrir fyrrnefndu skýringunum gerði ég grein í fyrirlestri á 11. fornsagnaþinginu í Sydney sumarið 2000 og birtist í ráðstefnuritinu. Þau rit, sem hér voru nefnd, eru mikilvæg til að varpa ljósi á fræðasögu 17. aldar. Reyndar eru rannsóknir á henni svo skammt á veg komnar, að ekki er enn ljóst hvaða rit voru í raun samin að frumkvæði Brynjólfs biskups og Hólamanna vegna þeirrar fræðastarfsemi, sem þeir stjórnuðu. Á þessum árum réðst hvort Íslendingar varðveittu eða glötuðu sínum forna bókmenntaarfi, dyttu niður í barbarísku. Mörg fornrit eru aðeins til í uppskriftum frá þessum tímum og margt er alveg glatað, og geta rit samin á 17. öld varðveitt brot eða gefið vísbendingu um tilvist rita sem ella eru glötuð með öllu.
Tíðfordríf og rit í óbundnu máli. Fleiri rit samdi Jón lærði fyrir tilmæli Brynjólfs biskups Sveinssonar. Þekktast þeirra sem ekki hafa enn verið prentuð er Tíðfordríf, samið árið 1644 og svar við glötuðu bréfi frá Brynjólfi biskupi. Tilgangurinn var m. a. að fá fyllri vitneskju um sumt, sem óljóst var í Samantektum, en Tíðfordríf er sundurlaust. Ég hef gert skrá yfir helstu handrit þess og ljóst er, hvaða handrit ber að leggja til grundvallar útgáfu. Erfitt verður því að kollheimta öll handrit með ýmsum textabútum úr ritinu. Tvímælis getur einnig orkað, hve miklu púðri á að eyða í athugun á ungum uppskriftum. Þó verður að kanna það og sum gömul handrit, eins og m. a. handrit í Stokkhólmi, Papp. fol. nr 60 og 64, eru með viðbótum, og er ástæða til að prenta þær.
Lækningabækur. Sérstaklega þarf að gefa út ritið Um nokkrar grasanáttúrur, sem er að hluta til varðveitt í eiginhandarriti og er sett saman fyrir tilmæli Brynjólfs biskups Sveinssonar. Lækningabækur Jóns eru með nokkrar efnislíkingar við Tíðfordríf og er því ástæða en ella til að gefa þau rit út saman. Lækningabækur eftir siðaskipti eru m. a. merkilegar fyrir það, að þar er orðaforði sem litlar heimildir eru til um, en sumt af honum var daglegt mál.
Um ættir og slekti, er þriðja rit Jóns lærða í lausu máli, sem brýn þörf er á að gefa út. Ritið var gefið út 1902, en útgáfan var ekki vönduð og annað handrit hefur komið í leitirnar sem þarf að nota við nýja útgáfu.
Rit í bundnu máli. Elst af kveðskap Jóns lærða er frá 1611 og 1612 gegn draugunum á Stað á Snæfjöllum, Snjáfjalladraugunum. Kvæðin eru Fjandafæla, sem er óprentuð í heild og varðveitt í mörgum handritum. Tvö seinni kvæðin, Snjáfjallavísur hinar síðari og Umbót eður friðarhuggun, eru aðeins varðveitt í einu handriti og þarf að gefa þau bæði út.
Ævikvæði, Fjölmóð, orkti Jón lærði á gamals aldri 1649, og er það yngsta rit hans, sem kunnugt er um. Árni Magnússon átti eiginhandarrit, sem brann 1728, en ekki eru nú kunn handrit, sem varðveita kvæðið heilt. Kvæðið var gefið út 1916, en nýja útgáfu vantar. Að nýju þarf einnig að gefa út Áradalsóð, en hann er einkum varðveittur í ungum og misjafnlega góðum handritum. Einnig kemur til greina að láta með fylgja í útgáfu nokkur, stutt kvæði eftir Jón, eins og Tímarímu, vikivakakvæði og fleira. Sérkennilegast fyrir varðveislu kvæða Jóns lærða er, að í handriti sem skrifað var í Winnipeg 1894 eru 27 kvæði, sem örugglega eru eftir Jón lærða en hvergi varðveitt annars staðar.
Verkefnisstjóri er Einar G. Pétursson.