Að kvöldi 20. október 1728 kom upp eldur í húsi úti við Vesturporti í Kaupmannahöfn og varð það upphafið að miklum bruna sem geisaði fram á laugardagsnótt og lagði stóran hluta borgarinnar í rúst. Þegar Árni Magnússon frétti á fimmtudagsmorgun að turnspíra Frúarkirkju væri fallin og ljóst var að eldurinn yrði ekki haminn hófst hann handa við að bjarga bókasafni sínu. Tjónið á handritasafni Árna verður aldrei að fullu upplýst en síðari tíma athuganir benda til að það hafi verið minna en hann áleit.