Örnefnastofnun Íslands var komið á fót með sérstökum lögum sem samþykkt voru á Alþingi 16. mars 1998, nr. 14/1998. Þau öðluðust gildi 1. ágúst 1998 og frá sama tíma lagðist Örnefnastofnun Þjóðminjasafns af, en hún var sett á stofn með bréfi menntamálaráðherra, dags. 23. júní 1969.
Örnefnastofnun Íslands var ein þeirra fimm stofnana sem sameinuðust í Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum 1. september 2006.