Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum er leiðandi í handritarannsóknum á Íslandi. Handrit í vörslu stofnunarinnar koma úr nokkrum söfnum. Fjöldi handrita er enn varðveittur í Árnasafni í Kaupmannahöfn en auk þess eru íslensk handrit varðveitt í ýmsum söfnum víða um heim.

Að lokinni afhendingu handritanna frá Danmörku árið 1997 eru í handritasafni stofnunarinnar 1666 handrit og handritahlutar úr safni Árna Magnússonar, prófessors í Kaupmannahöfn og handritasafnara (1663–1730), auk 1345 íslenskra fornbréfa í frumriti og 5942 fornbréfauppskrifta. Til viðbótar er 141 handrit úr Konungsbókhlöðu. Frá öndverðu var um það samið að afhendingin gæti tekið um aldarfjórðung, enda voru öll handrit ljósmynduð fyrir afhendingu og gert við mörg þeirra. Afhendingu handritanna lauk 19. júní 1997 þegar rúm 26 ár voru frá komu þeirra fyrstu til landsins 21. apríl 1971.

Handrit úr einkasöfnum hafa borist stofnuninni til varðveislu; handritasafn sér Bjarna Þorsteinssonar þjóðlagasafnara, Konráðs Gíslasonar, Magnúsar Stephensen, Stefáns Eiríkssonar og Þorsteins M. Jónssonar.

Stofnunin hefur einnig fengið að gjöf allmörg handrit og handritsbrot sem verið hafa í einkaeigu og einnig hafa verið keypt nokkur handrit sem boðin hafa verið til kaups erlendis. Þessi safnauki er skráður undir safnmarkinu SÁM og telur nú 121 númer. Kunnast þeirra er Skarðsbók postulasagna, skinnbók frá 14. öld sem var keypt til landsins frá Lundúnum af íslensku bönkunum árið 1965.