Í síðari hluta Flateyjarbókar eru m.a. sögur Sverris konungs (d. 1202) og Hákonar gamla (d. 1263). Sverris saga er elsta stóra Noregskonunga sagan sem til er. Fyrri hluti hennar, og ef til vill sagan öll, er eftir Karl Jónsson ábóta á Þingeyrum, upphafið ritað eftir forsögn Sverris sjálfs, en framhaldið eftir sögn kunnugra samtíðarmanna. En Hákonar saga er samin af hinum kunna sagnaritara Sturlu Þórðarsyni.

Þeirri hugmynd hefur verið hreyft, að í Flateyjarbók hafi í öndverðu ekki átt að vera sögur fleiri Noregskonunga en Ólafanna tveggja og bókin hafi verið ætluð þriðja konunginum með því nafni, Ólafi Hákonarsyni. En sá Ólafur dó eða hvarf á unglingsaldri 1387, sama árið og þessi hluti Flateyjarbókar var skrifaður, og með honum dó út norska konungsættin frá Haraldi hárfagra.

Margir af þáttum Flateyjarbókar eru og hvergi varðveittir nema þar, svo sem Einars þáttur Sokkasonar, Þorleifs þáttur jarlaskálds, Þorsteins þáttur uxafóts, Orms þáttur Stórólfssonar og Hróa þáttur heimska.

Heilum sögum, köflum úr sögum og sjálfstæðum þáttum er bætt við Flateyjarbók. Þar á meðal eru Færeyinga saga, að meginhluta texti sem virðist í frumgerð og hvergi er til annarsstaðar, Orkneyinga saga nær heil, Fóstbræðra saga með köflum sem ekki eru í öðrum handritum hennar, og Grænlendinga saga sem hvergi er varðveitt annarsstaðar, ein hinna elstu fornsagna okkar og jafnframt ein elsta heimild um fund Vínlands. 

Búningur Flateyjarbókar er slíkur, einkum þó lýsingar, að einstakt er, þegar um söguhandrit er að ræða, sem er fremur ætlað til skemmtunar og fróðleiks en nytsemdar í andlegum eða veraldlegum efnum.

Aftast í Flateyjarbók er annáll sem spannar tímabilið frá því að Júlíus Cesar varð "einvaldshöfðingi yfir öllum heimi" og fram til ársins 1394, en þá var "hallæri mikið til kostar og skreiðar nær um allt land, vor kalt, grasvöxtur lítill, fellir nokkur."