Aðdraganda hússins má rekja allt til ársins 2001 þegar Björn Bjarnason menntamálaráðherra setti á fót nefnd til að undirbúa og móta tillögur fyrir byggingu nálægt Þjóðarbókhlöðu sem hýsti stofnanir á vettvangi íslenskra fræða. Sex árum síðar kom svo að því að Þorgerður Katrín Gunnarsdóttir menntamálaráðherra skipaði dómnefnd sem hafði það hlutverk að efna til opinnar samkeppni um hönnun á húsnæði fyrir Stofnun Árna Magnússonar í íslenskum fræðum og íslenskuskor Háskóla Íslands í samvinnu við Arkitektafélag Íslands. Við frágang samkeppnislýsingar studdist dómnefndin við forathugun og drög að samkeppnislýsingu sem unnin hafði verið fyrr á árinu af hálfu ráðuneytisins. Niðurstaðan var að hagkvæmast væri og eðlilegast að hönnuð yrði ein bygging fyrir stofnunina og íslenskuskor Háskóla Íslands. Formaður dómnefndar var Sigríður Anna Þórðardóttir sendiherra en aðrir í dómnefnd voru Vésteinn Ólason prófessor, Guðmundur R. Jónsson prófessor, Hildigunnur Haraldsdóttir arkitekt FAÍ og Jón Ólafur Jónsson arkitekt FAÍ. Dómnefndin skilaði áliti í ágúst 2008 og voru niðurstöður kynntar 21. ágúst og hlutu Hornsteinar arkitektar ehf. fyrstu verðlaun.
Hönnun byggingarinnar hófst sama ár og lauk henni árið 2012 þegar ákveðið var að hefja framkvæmdir við húsið. Katrín Jakobsdóttir, mennta- og menningarmálaráðherra, tók fyrstu skóflustungu 11. mars 2013. Hlé var gert á framkvæmdum sumarið 2013 og var þráðurinn ekki tekinn upp að nýju fyrr en árið 2016 þegar hafist var handa við rýni á hönnunargögnum. Nýtt útboð var auglýst árið 2018. Sumarið 2019 skrifaði Lilja D. Alfreðsdóttir, mennta- og menningarmálaráðherra, undir samning við Ístak um byggingu hússins. Forseti Íslands, Guðni Th. Jóhannesson, og Lilja D. Alfreðsdóttir lögðu hornstein að húsinu síðasta vetrardag, 21. apríl 2021, en þá voru 50 ár frá því að fyrstu handritin komu heim frá Danmörku.
Húsið var vígt við hátíðlega athöfn síðasta vetrardag, 19. apríl 2023.